1. Diagnostic et planification : la première phase de la thérapie consiste à s'assurer que l'EMDR est un traitement adapté au patient. Un aspect de cette évaluation concerne la capacité de la personne à faire face aux souvenirs de l'événement traumatisant qui seront ravivés pendant la thérapie. Le thérapeute prépare alors avec le patient un plan de traitement ;.

2. Préparation et relaxation : le thérapeute doit ensuite préparer son patient à l'EMDR en lui expliquant le déroulement de la thérapie. Il s'assure que le patient maîtrise quelques techniques de relaxation et est capable de contrôler les émotions succédant à une expérience désagréable ;

3. Évaluation : la phase suivante permet de déterminer les souvenirs qui feront l'objet du traitement. Pour chaque événement traumatisant conscient ou chaque situation anxiogène dans le présent, liée à un événement traumatisant, conscient ou non, le patient doit choisir une image qui représente l'événement ou la situation, une idée négative associée à l'événement (« cognition négative ») et une idée susceptible d'élever l'estime de soi (« cognition positive »). Le patient évalue alors la validité de l'idée positive sur une échelle numérique. Il associe également l'image anxiogène et l'idée négative et évalue l'ampleur de sa détresse sur une échelle numérique (de 0 - tout va bien à 10 - détresse intense). Cette détresse émotionnelle se traduit par un malaise physique qu'il est invité à localiser sur son corps ;

4. Désensibilisation : le patient se fixe sur l'image traumatisante, l'idée négative et le ressenti corporel. Le thérapeute lui demande de suivre en même temps avec les yeux ses doigts ou un point lumineux qu'il déplace dans l'espace alternativement d'un côté à un autre. D'autres stimuli (bruits successifs à gauche et à droite, claquement des doigts, stimulation tactile, etc.) peuvent être également utilisés lors de cette phase. Le patient est encouragé à suivre les associations mentales qui se font naturellement pendant cet exercice et ce sont ces associations progressives qui sont censées être au cœur du traitement, par exemple en ramenant à la conscience des événements oubliés. Cette phase du traitement continue jusqu'à ce que le patient évalue sa détresse à 0 ou à 1 sur l'échelle introduite lors de la phase précédente ;

5. Ancrage : la phase suivante vise à associer l'idée positive à ce qu'il reste du souvenir de l'événement traumatisant. Quand l'évaluation de la détresse atteint 1 ou 0, le thérapeute demande au patient de penser à l'objectif fixé en début de séance. Les mouvements oculaires continuent jusqu'à ce que le patient évalue la validité de la cognition positive à 6 ou à 7 sur la première échelle utilisée durant la phase 3. Les étapes 3 à 5 recommencent à chaque séance pour une nouvelle image traumatisante ;

6. Bilan corporel (body-scan) : le patient garde à l'esprit l'événement traumatisant et l'idée positive à laquelle il a été associé durant la phase précédente et passe en revue systématiquement ses sensations corporelles. Le but de cette phase est de repérer des « tensions » ou des « sensations négatives » qui subsisteraient et d'aider à les dissiper toujours à l'aide de séries de mouvements oculaires ;

7. Conclusion : à la fin d'une séance, le thérapeute doit faire en sorte que son patient se trouve dans un état émotionnel stable, que le traitement soit terminé ou non. Il prépare également son patient à réagir correctement (relaxation, etc.), au cas où le souvenir de l'expérience traumatisante surgirait entre les séances ;

8. Réévaluation : au début de la séance suivante le thérapeute demande au patient de repenser au but fixé lors de la séance précédente. En fonction des réactions du patient, il évalue l'effet de la thérapie et adapte son déroulement en conséquence. Vers la fin de la thérapie, le patient est invité à tenir un journal concernant les souvenirs travaillés pendant les séances et les associations qui lui viennent à l'esprit en dehors des séances.

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